iOSアプリのアプリアイコンの設定はXcodeプロジェクト内に存在するAssets.xcassetsで設定します。
Assets.xcassetsの中にAppIconを選択して各用途に使うアプリアイコンを設定します。

アプリアイコンのサイズ(Xcode8現在)

iOSのアプリアイコンは厳密にサイズが指定されています。サイズを間違えるとアプリ公開時にエラーになり、審査に出すこともできませんので気をつけてください。
また、iPhone用のアプリとiPad用のアプリのサイズも異なりますのでご注意ください。

iOS端末 利用用途 サイズ
iPhone Notifications(@2x) 40px x 40px
iPhone Notifications(@3x) 60px x 60px
iPhone Spotlight(@2x)(iOS5,6) and Setting(iOS5〜10) 58px x 58px
iPhone Spotlight(@3x)(iOS5,6) and Setting(iOS5〜10) 87px x 87px
iPhone Spotlight(@2x)(iOS7〜10) 80px x 80px
iPhone Spotlight(@3x)(iOS7〜10) 120px x 120px
iPhone App(@2x)(iOS7〜10) 120px x 120px
iPhone App(@3x)(iOS7〜10) 180px x 180px
iPad Notifications(@1x) 20px x 20px
iPad Notifications(@2x) 40px x 40px
iPad Setting(@1x)(iOS7〜10) 29px x 29px
iPad Setting(@2x)(iOS7〜10) 58px x 58px
iPad Spotlight(@1x)(iOS7〜10) 40px x 40px
iPad Spotlight(@2x)(iOS7〜10) 80px x 80px
iPad App(@1x)(iOS7〜10) 76px x 76px
iPad App(@2x)(iOS7〜10) 152px x 152px
iPad Pro App(@2x)(iOS7〜10) 167px x 167px